牛樟芝的科學命名幾經風波，在學術界也引發一番論戰，卻也因此讓原本就非常受注目的台灣特有真菌，更添加了其話題性。

 

1.1990 年臧穆教授與蘇慶華教授在「雲南植物研究」發表新種學名為Ganoderma comphoratum。認為是靈芝屬的一個新種。

 

2.1995 年張東柱博士與周文能先生於英國真菌學研究期刊「Mycological Research」發表新種，學名為：Antrodia cinnamomea。認為是薄孔菌屬(Antrodia) 的一個新種。

 

3. 經吳聲華博士檢驗兩次所發表新種的模式標本後，發現皆為牛樟芝。只是第一次發表的模式標本有靈芝的孢子沾染，因觀察到靈芝的孢子型態而誤以為牛樟芝是靈芝一屬。因此1997 年吳聲華博士、國際多孔菌分類首席權威Dr.Ryvarden 與張東柱博士共同發表，把第一次發表名稱因誤描述到類似靈芝孢子而誤置於靈芝屬(Ganoderma) ，修訂處理為較合理的薄孔菌屬(Antrodia)，而第一次發表名稱享有命名法規之先取權優勢，因此種名不變，學名為：Antrodia camphorata。

 

4.2004 年張東柱博士與周文能先生在「中研院植物學彙刊」提出，1990 年臧穆教授與蘇慶華教授發表新種時是描述標本中之靈芝部分，非牛樟芝部分，因此提出應回復使用Antrodia cinnamomea 為牛樟芝學名。

 

5. 於2004 同一年，吳聲華博士在「中華民國真菌學會刊」發文指出，由牛樟芝LSUrDNA 序列分析結果發現，牛樟芝與薄孔菌屬(Antrodia) 的親緣關係並不相近，因此提出牛樟芝為多孔菌的新屬：台芝屬(Taiwanofungus)。並以1990 年發表的牛樟芝種名， 發表新的牛樟芝學名為Taiwanofungus camphoratus。

 

6. 余知和等在 2010 年發表於Botanical Studies 之系統學研究結果，支持台芝屬(Taiwanofungus) 的獨立屬地位。

 

7.2010 年 Dictionary of Fungi ( 真菌字典) 第一作者暨 Index Fungorum ( 真菌索引) 資料庫負責人Dr.Paul Kirk 依據國際植物命名法規研究牛樟芝命名之後，認定牛樟芝正名為Taiwanofungus camphoratus (Ganoderma comphoratum, Antrodia camphorata 和Antrodia cinnamomea 皆為同義名)。

 

8.2010 年 MycoBank ( 真菌銀行，世界上最具權威之真菌資料庫) 專家 Dr. JoostStalpers 依據國際植物命名法規研究牛樟芝命名之後， 認定牛樟芝正名為Taiwanofungus camphoratus (Ganoderma comphoratum, Antrodia camphorata 和Antrodia cinnamomea 皆為同義名)。

 

9.2010 年財團法人食品工業發展研究所擁有台灣最具規模之生物資源保存及研究中心選用Antrodia cinnamomea 為牛樟芝學名。

 

目前牛樟芝的科學命名或許還需要學術界更多的共識來達成統一，但牛樟芝在健康食品與新藥研發應用上卻是如日中天的蓬勃發展，不管牛樟芝最後的科學命名會是哪一個，它是台灣國寶級特有真菌的地位是不容置疑的。